Esta pregunta no las hemos hecho todos alguna vez mientras
veíamos series de animación japonesa (incluso en este blog en sus
humildes comienzos alguien lo preguntó en los comentarios ^^). 
Pues bien tras un severo trabajo de investigación he llegado a varios
tipos de respuesta posibles.
Una de ellas la da nuestro amigo Hayao Miyazaki dice que los ojos
grandes, se deben por la admiración de los japoneses por lo
occidental.
El pionero en utilizar los ojos grandes fue Osamu Tezuka con su
serie Astroboy, y se influenció de los autores americanos de comics
de los años 20, como por ejemplo las aventuras de Felix el Gato.
Pululando por mi videoteca, he encontrado un testimonio de Yasuki 
Hamano (profesor de la universidad de Tokyo) que nos dice, que
después de la restauración Meiji, Japón quizo alcanzar al mundo
occidental e intentó convertirse fisicamente en occidentales
mediante el anime, ya que no les gustaban sus propios rasgos por
aquel entonces, así que la animación, como medio de expresión sirvió
para saciar el ansia de los japoneses en ese sentido.
Otra teoría existente se basa en que los japoneses utilizan los ojos
grandes porque les resulta mucho más fácil crear un carácter más
expresivo con este tipo de ojos ^^.

Link:
http://www.rumbo-japon.blogspot.com/2007/02/porqu-los-personajes-de-anime.html